2016年４月に発生した地震により重要文化財である13棟すべてで倒壊や破損が確認され、場内の石垣のおよそ30％に崩壊などの被害が出た。天守は鉄筋コンクリートで再建されたものであったため被害は最小限で済んだ。ただ、飯田丸五階櫓は木造で復元されていたため深刻な被害を受けており、被災後はかろうじて一筋の石垣によって支えられている状況であった。この状況は被害の深刻さを物語ると同時に数百年たっても城を支え続けることができる築城当時の技術の高さを改めて示すものとなった。また、崩れた石垣の内側から加藤清正が築城した当時の石垣が見つかり築城当時の姿がより詳細にわかるようになった。