天正４年(1576年)に柴田勝家の甥である柴田勝豊によって築城された。賤ヶ岳の戦いで柴田勝家が敗死すると丹羽長秀が城主となり、以降は青山宗勝、結城秀康、松平忠直と城主が変わり、慶長17年(1612年)に本多康成が城主となり丸岡藩初代藩主となった。本多氏が4代続いた後、有馬清純が城主となり幕末まで続いた。

天守は現存12天守の一つであり、重要文化財に指定されている。天守の瓦に使われている笏谷石(しゃくたにいし)は重量がとても重く屋根に使われているのはとても珍しい。