玄翁という修行者が奥州より都へ行く途中、下野国那須野ヶ原へやってくる。空を飛ぶ鳥が石の上で落ちるので、不思議に思っていると、里の女が現れ、この石は恐ろしい「殺生石」と呼ばれる石で、生き物を殺してしまうから、近づかないように忠告する。
玄翁がわけを尋ねると、昔、鳥羽院に仕えていた玉藻の前という方が、王道を亡ぼそうとして天子を病気にしたが、化生のものであると見破られ、逃げてここにたどり着き、この場所で殺されたのであると語る。そして、自分は、その石魂（いしだま）であると明かし、夜になったら本性を現すであろうといって、石の中にかくれてしまう。
＜中入＞
玄翁が供養していると、殺生石は二つに割れて、野干が現れ出る。自分は、天竺・中国・日本を股にかけて悪事をはたらいた老狐であり、安倍泰成の祈祷に調伏せられて空を飛んで那須野に隠れ住んだが、その後も、三浦介や上総介に那須野を狩り尽さされ、ついには射伏せられて、命を失ったものである。
その後も、多年にわたり、人を殺してきたが、今回、有難い供養を受けたので、今後はけっして悪事は働かないと約束して、消え失せる。
頼朝と不和になった義経は、奥羽の重衡を頼んで都を落ちることにする。探索の目を逃れるため、義経一行は山伏姿で関にかかる。山伏は通すまじと関守の富樫がいきごむが、弁慶は、持ち合わせた巻物を勧進帳と称して朗々と読み上げ、信用されたかに見えた。
強力に仕立てた義経が怪しまれ、厳しく問いただされるに、弁慶は義経を杖で打ち、なんとか押し切ろうとする。富樫は、それをみて弁慶一同の苦衷を察し、通してやるのだった。
富樫は、一行に酒を振る舞い、弁慶が一差し舞い、その間に足早に関を後にするのであった。
藤原不比等（ふひと）の子、房前大臣（ふさざきのだいじん）は、讃岐国(さぬきのくに）の志度（しど）の浦で亡くなった母の追善のため、従者を連れて志度の浦へ下る。
そこへ一人の海人が、風流な慰みのない身を歎きつつ現れる。従者が海人に声を掛け、水に映る月を大臣が見るため海藻を刈るよう命じたことをきっかけに、海人は、志度の浦にまつわる以下の出来事を語る。
かつて、不比等の妹が唐の高宗に立后したため、唐から藤原家氏寺の興福寺に三つの宝が送られたが、運ぶ途中、宝のうち「面向不背の珠」と言われる珠が志度の沖で海中の竜宮に奪い取られた。珠を取り返すため藤原不比等が志度の浦へ来て一人の海人と契りを交わし、子を儲けた。今の房前大臣がその人である……。
自身の出生のいきさつを知った大臣が、思わず海人に名のり出ると、海人は、自分は不比等と契りを交わした海人の子孫だと言う。
その後従者のすすめで、海人は、その後の出来事を仕方話で語る。……不比等と契りを交わした海人が、生まれた子を不比等の跡継ぎにしてもらうという条件で、竜宮からの宝珠の奪還を決意する。海人は腰に縄を付け、剣を持って海中の竜宮に飛び入り、宝珠を奪い取る。竜宮での死人を避ける慣習を利用して、海人は竜たちが近寄れないように、乳の下を切り裂きそこに珠を押し入れてうつ伏した。海上で人々が縄を引くと、海人が瀕死の状態で引き上げられ、その乳の下の傷の中に、まさしく宝珠があった。海人は命を捨てて珠を奪い返したのだった……。そこまで語ると、海人は、実は自分こそその海人の幽霊だと明かし、房前大臣の母である証拠だという手紙を渡し、弔いを頼んで海中に消え去る。
その手紙には、自分が命を失ってから十三年経つと書かれており、年数の合致から先ほどの海人が自分の母の幽霊に違いないと確信した房前大臣は、当地の寺で読経の追善を行う。
すると、母は成仏し竜女の姿となって、法華経を手にして現れる。竜女は成仏を喜び、法華経をめでて舞を舞う。
その後、房前大臣の孝行によって追善を行った寺は、志度寺と名づけられ、毎年法華八講を催して朝晩法華経を読誦し、仏法の栄える霊地となった。
一の谷の合戦で若い平敦盛を手にかけた熊谷次郎直実は、悔いて出家し、敦盛の菩提を弔おうと、再び須磨一の谷を訪れる。
そこへ笛の音が聞こえ、草刈の男たちが現れる。草刈の身に似合わぬ風流なふるまいと声を掛けた蓮生に、男たちは、「樵歌牧笛」と昔から言うように笛は草刈にふさわしく、そればかりか歌も器楽も舞も、みな同じこの世の人の風流な業ではないかと反論する。
その後一人の男を除いて、他の者は帰っていく。残った男は、自分は敦盛の縁故の者なので十念を授けてほしいと言い、蓮生がそのとおりにすると、男は、実は自分はあなたが日夜弔っている敦盛だと明かして姿を消す。
(中入)
蓮生が夜通しの回向を思い立ち、念仏を称えていると、敦盛の霊が甲冑を身につけたうら若い姿で現れる。二人は、以前は敵であったが今は互いに成仏を願う友であることを確認し合う。
敦盛は蓮生を前に、平家一門の悲しい都落ちの様子や、一の谷の合戦前夜に敦盛たちが城で歌舞に興じたさまを語って舞を舞い(中ノ舞)、その後敦盛が味方の舟に乗り遅れ、一人で熊谷との討ち合いに臨んだいきさつを語る。語りながら修羅の気分の昂じた敦盛の霊は、時めぐって今また熊谷に出会ったと、蓮生にいったん討ちかかるが、それでも弔いを続ける蓮生の姿に、やはり二人は敵ではなかったのだと思い直し、重ねて回向を頼み、去っていく。
